STAMP +ключ Скачать бесплатно

Скачать ->>> https://urlca.com/2q8fyx

STAMP

STAMP (Статистический анализ метагеномных профилей) — это кроссплатформенная интерактивная программа с открытым исходным кодом, которая предоставляет графический пользовательский интерфейс для использования в Windows, Linux, Mac OSX или любых других подходящих операционных системах. Он принимает необработанные файлы секвенирования (fastq) в качестве входных данных и создает несколько графических представлений метагеномного профиля. Он был разработан для содействия внедрению передового опыта в области метагеномики и обеспечения кросс-платформенной воспроизводимости результатов. Он был разработан, чтобы использовать преимущества высокопроизводительных технологий секвенирования второго поколения. STAMP написан на Perl, работает в интерактивном веб-браузере (например, SciLab или Adobe® Photoshop®) и поддерживает различные параметры построения графиков и обработки данных для графического вывода. Программа также доступна через командную строку и сценарии оболочки, что делает ее доступной для биоинформатиков, статистиков и специалистов, не занимающихся биоинформатикой.

Он очень прост в использовании и выполняет свою работу очень просто. Для его использования необходимо лишь небольшое знание статистических понятий. Он также имеет несколько хороших встроенных инструментов, которые помогут вам. Единственное, что я бы порекомендовал, это проверить, поддерживает ли он тип набора данных, который вы используете, потому что эта программа, которую я знаю, не сможет вычислить результаты для некоторых наборов данных. Однако для большинства наборов данных это работает отлично.

Я использовал программное обеспечение STAMP несколько раз и обнаружил, что оно чрезвычайно полезно для анализа статистических данных, полученных в результате секвенирования второго поколения.

Достаточно хорошо работает для анализа метагенома. Я использовал его для сравнения микробного разнообразия образцов микробиома полости рта и стула пациента. Образец стула был собран в другой день и, конечно же, отличался от образцов полости рта пациента. Программное обеспечение может справиться с этим. На результаты очень интересно смотреть, и вы можете отслеживать прогресс оральной колонизации с течением времени.

Как использовать:

Создайте папку и текстовый файл в папке bin. Запуск на оболочке. Оболочка автоматически запустит программу и отобразит список доступных пакетов. Затем вы можете выбрать нужный (ШТАМП) из списка.

Затем программа спросит вас, хотите ли вы создать новый файл .RST. Вы увидите свои данные, а также названия различных пакетов, которые вы можете использовать. Можем посмотреть на один из пакетов, дуоплот https://wakelet.com/wake/ZwN6Oj493uCaJAqGjoKLr

STAMP — это аббревиатура от «Статистический анализ метагеномных профилей». Работа статистической геномики быстро продвигалась в течение последних нескольких лет. Фенотипические и функциональные изменения, которые мы наблюдаем у данного микроорганизма (например, его «метаболическая активность» или «способность расти при определенной температуре»), на самом деле являются результатом деятельности большого числа генов и генных продуктов. Метагеномные исследования показали, что большинство микроорганизмов представляют собой не отдельные одноклеточные организмы, а консорциумы бесчисленных видов микробов. В целях метагеномных исследований микроорганизм с продуктом гена/гена называется «признаком», а полная последовательность генома с рядом предсказанных генов называется «геномом». Таким образом, геномное исследование отдельного микроорганизма известно как «протеомное исследование», исследование одного гена или «транскриптомное исследование» и так далее. Исследование, которое исследует ДНК большого количества микроорганизмов и измеряет количество каждого гена или каждого продукта гена, называется «метагеномным исследованием». Область «метагеномики» включает изучение метагеномов — метагеномных профилей, которые представляют собой наборы признаков или геномов большого количества микробов.
Как область, метагеномика становится такой же важной, как и геномика, из-за огромного количества микроорганизмов, связанных с окружающей средой и человеком, которые остаются некультивируемыми и чьи геномы остаются полностью неизвестными.
В метагеномных исследованиях распространенность гена или продукта гена в метагеномном профиле известна как его «интенсивность» или «изобилие». Считается, что многие гены и генные продукты участвуют в способности микроорганизма выживать и размножаться. Характер способности микроорганизма размножаться в определенной среде обитания известен как его «фенотип», а этот фенотип известен как его «метаболическая активность».
Метаболическая активность микроорганизма является результатом деятельности большого количества генов или генных продуктов.Изучение метаболической активности микроорганизма называется «метаболомикой», и поэтому изучение микроорганизмов стало как «омиком», так и «метаболомикой». Изучение микроорганизма
fb6ded4ff2

STAMP +ключ Скачать бесплатно

STAMP +ключ Скачать бесплатно

Recent Posts

Recent Comments

Archives

Categories

Meta